Если я покупаю конфигурацию с обновлением теряются ли три месяца, которые даются бесплатно?
Нет, все сроки суммируются.
Если вы купили конфигурацию и поддержку на 12 месяцев, то итоговый срок поддержки и получения обновлений составит 12 месяцев + 3 месяца (бесплатно), итого 15 месяцев